根据工作职责，中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室设11个职能局和机关党委，分别是:秘书局、综合局、研究局、新闻局、经济局、港澳涉台事务局、交流局、联络局、法规局、投诉协调局、政党局，机关党委（人事局）。

　　1、秘书局负责协调机关日常工作；承办文电、秘书、会议、通信、信息工作；负责档案、报刊、图书资料工作；编辑刊物；负责机关财务、房产、基本建设、物资设备、环境秩序管理及后勤服务的规划、协调与监督，承办重要活动会务、接待工作，负责赴台审批办理工作，联系各地各部门涉台机构。

　　2、综合局负责承办海峡两岸关系协会的日常工作。负责并协调有关部门与台湾当局授权的团体和人士进行协商谈判；负责并归口管理与台湾海峡交流基金会的联系事宜；协调指导有关部门和地方处理涉台突发事件和两岸双向遣返及有关问题；按照《海协会章程》，开展与岛内、海外团体和人士的联系与合作。管理台属及台胞捐赠工作。

　　3、研究局负责研究台海形势和两岸关系中的重大问题，研拟相关政策和提出工作建议，指导并协调中央有关部门和地方的对台调研工作。

　　4、新闻局负责涉台新闻工作的组织、指导、管理、协调；负责台湾记者来大陆采访及两岸新闻交流合作的管理规划；负责指导各地、各部门的涉台教育工作；承办国务院台办新闻发布工作。

　　5、经济局负责管理和协调两岸“三通”事务；统筹协调和指导对台经济工作；研究协调对台商投资和赴台投资的政策；会同有关部门研究、草拟对台经济、贸易、金融、科技等方面的法律、法规、政策，并负责协调和检查落实；会同有关部门和地方协调对台重要经贸项目和活动；指导、管理台资企业协会，负责对台资企业的政策指导及服务工作。

　　6、港澳涉台事务局负责协同有关部门处理香港特别行政区、澳门特别行政区涉台工作中有关事务。

　　7、交流局负责组织、指导、管理、协调两岸文化、教育、科技、影视、出版、体育、卫生、社科、民政、民族、宗教、民间信仰、工会、青年、妇女、基层民众等交流事宜；研究两岸人员往来有关政策。

　　8、联络局负责对台有关政党和团体等联络工作，承担台湾重要团组和人士来访等接待安排工作，指导并协调中央有关部门和地方台办的对台联络工作。

　　9、法规局负责研拟涉台法律政策，研拟审核涉台法律法规，研究台湾地区涉及两岸关系法制动态，指导协调涉台法律事务，审批管理两岸法律交流事项，办理本部门依法行政事宜。

　　10、投诉协调局负责协调处理重大、复杂的台湾同胞投诉案件；指导检查各地台办的台胞投诉案件的处理；组织各地台办投诉协调工作经验和信息交流，通报台湾同胞投诉案件处理情况；负责台胞、台属来信来访及涉台维稳工作；承担国共两党有关机构保护台商合法权益工作平台的联系、服务工作；承担台商权益保障工作联席会议办公室工作职责。

　　11、政党局负责开展对台湾政党、政治团体的研究；承办党际交流平台相关事宜；协调、指导与台湾主要政党和重要政治团体的交流。

　　12、机关党委（人事局）负责机关党的思想、组织、作风建设和纪律检查工作，领导机关精神文明建设，以及工、青、妇等工作。

　　负责机关人员的考核、任免、调配、劳资和所属事业单位的机构、人员编制工作；承办机关人员因公出国、出境的报批、政治审查、护照、签证工作以及外派干部的管理工作；了解掌握各地区、各部门台办主要干部的情况；组织指导本办及全国对台工作系统干部的培训、教育工作。

　　负责离退休干部工作。